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由于超级微波消解仪需要在高温条件下长期运行，所以均配置有水冷系统，分为外置独立式水冷系统和内置式水冷系统两种。外置独立式水冷系统的冷却能力更强、维护更简单，目前绝大多数高性能的超级微波消解仪均选择此种冷却方式。
超级微波消解仪的称样量覆盖范围非常宽泛，可从0.1g以下的微量样品（如生物和考古样品），到几十克的大称样量应用（如核工业样品）。
以食品样品为例，0.5g食品干样需消耗2-3mL的硝酸。
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